Nahčivan je jedan od najstarijih gradova Azerbejdžana. Na kraju 8. veka i početkom 7. veka p. n. e. grad je bio u sastavu carstva Manu, a zatim i Midijskog carstva. U 6. veku p. n. e. bio je porobljen od strane dinastije Ahmenida. U 2. veku p. n. e. ušao je u sastav kraljevstva Atropatene. U 10. veku Nahčivan postaje prestonica dinastije Ildiguzida, a u 11. veku prestonica Seldžučkog carstva.

Zbog brojnih mineralnih izvora, Nahčivan i njegova okolina poznati su kao kao savršena destinacija za odmor.

Glavne znamenitosti grada su mauzoleji Jusuf Ibn Kusejira, Momine-hatun, tvrđava Alinđa- kala (u okolini Nahčivana) i poznati mostovi Hudaferin preko reke Araz.